Muchos de los informes periciales que realiza un perito informático a lo largo de su carrera, son lo que en la jerga se denomina contra-peritajes informáticos o meta-peritajes informáticos. A continuación, se explicará en qué consiste cada uno de ellos. Para la realización tanto de un contra-peritaje informático como de un meta-peritaje informático, es necesario contar con un perito informático que cumpla la Ley de Enjuiciamiento Civil.
Un contra-peritaje informático consiste en analizar un informe pericial informático desde un punto de vista crítico y emitir un dictamen pericial de los fallos metodológicos y/o errores que se adviertan en el mismo, de tal forma que se puedan rebatir las conclusiones que el perito informático firmante del informe original emitió en su dictamen. Así pues, el enfoque con el que un perito informático debe afrontar un contra-peritaje informático es, primeramente, comprobar que el perito informático firmante del informe original cumplió los protocolos de la informática forense y, posteriormente, que no haya habido ningún error en la realización de las actuaciones ni tampoco en la extracción de las conclusiones. Por tanto, un perito informático debe afrontar con un triple enfoque la realización de un contra-informe pericial informático; por una parte, metodológico, por otra parte, práctico y, por último, conclusivo. Así pues, cuando se desarrolla un informe pericial informático, es vital prestar sumo cuidado a todos los detalles, puesto que cualquier error cometido puede ser aprovechado por el perito informático de la otra parte para contradecir al perito informático firmante del informe original. Este consejo también debe servirle a un perito informático a la hora de realizar un contra-informe pericial, es decir, se debe buscar muy cuidadosamente cualquier error metodológico, práctico o en las conclusiones del informe pericial que se está analizando y rebatir el mismo desde todos los ámbitos posibles, siendo absolutamente imparcial y criticando únicamente aquellos puntos y/o conclusiones que sean rebatibles. Se suele requerir la realización de contra-informes periciales informáticos cuando, en un juicio, una de las partes no está de acuerdo con el peritaje informático presentado por la otra parte y requiere de los servicios de un perito informático para rebatir el informe presentado.
Por el contrario, un meta-peritaje informático consiste en el análisis, desde un punto de vista pericial, de un peritaje informático. Es decir, se trata de realizar un peritaje sobre un peritaje informático. En este caso, el perito informático debe enfocar el meta-informe pericial desde el o los enfoques a partir de los cuales le ha sido encargado el mismo; así pues, se podría enfocar desde cualquiera de los ámbitos anteriormente descritos que servirían para afrontar un contra-informe pericial, a los que habría que añadir un análisis de los puntos y conclusiones que sí son correctos en el informe pericial original, así como un análisis de los honorarios cobrados por el perito informático firmante del informe original. Se suele solicitar un meta-peritaje informático cuando no se está de acuerdo con las actuaciones llevadas a cabo y/o los honorarios cobrados por un perito informático en la realización de un peritaje informático.